Széklet genomikai teszt
A széklet genomikai teszt (SGT) a béltraktusban élő mikróba közösség megismerésére, jellemzésére szolgáló genetikai diagnosztikai eljárás. A teszt célja megismerni a bélflóra sokszínűségét (fajgazdagságát), valamint az egyes mikroorganizmusok egymáshoz viszonyított arányát. A vizsgálat alapját az adja, hogy kis mennyiségű székletmintából a mikroorganizmusok genetikai állománya izolálható, a tisztított DNS szekvenálással analizálható. Az eredményeket nagy nemzetközi adatbázisok eredményeivel összevetve kiértékeljük, és meghatározzuk, hogy a minta a populációs normálhoz képest milyen összetételt mutat.
Egyéb mikrobiom tesztek
Valamennyi testtáj rendelkezik egy rá jellemző, egyedi mikrobiális közösséggel. Ez a normál mikrobiom testtájanként eltérő, mindegyiket az adott terület környezeti tényezőihez alkalmazkodott mikroorganizmusok alkotják. Számtalan környezeti hatás és egészségi állapot hat az egyes testtájak mikrobiális közösségének összetételére, fajgazdagságára. A lokális hatások mellett általános hatások (kor, nem, szocioökonómiai státusz, betegségek, diéta, terhesség, stb.) is szerepet játszanak a mikrobiom összetételének és működésének alakításában.
A bélflóra vizsgálata mellett a szájüreg, az orrüreg, a bőr és a genitáliák mikrobiális közösségének vizsgálata a leggyakrabban alkalmazott mikrobiom tesztek.
A tesztek alapját képező genetikai vizsgálatok
A hagyományos tenyésztésen alapuló mikrobiológiai vizsgálatok mellett, a közelmúltban több diagnosztikai eljárást is kifejlesztettek a szervezetünkkel összhangban élő mikrobiális közösségek vizsgálatára. Ezek a módszerek képesek nagy mintaszám esetén is a mikroorganizmusok nagy érzékenységű, specifikus detektálására, egymáshoz viszonyított relatív mennyiségük meghatározására. Többféle technológia állhat a mikrobiális közösség vizsgálatának hátterében, ezek alapja lehet DNS-, RNS-, vagy fehérje-kimutatás, illetve különböző metabolitok kimutatása. Előbbi módszerek közül a DNS-elemzési, ún. szekvenálásalapú eljárások a legelterjedtebbek a mikrobiális közösségek elemzése során, mivel ezek a legnagyobb érzékenységű és pontosságú módszerek.
A DNS-szekvenálás alapú módszerek közül a legszélesebb körben alkalmazott módszer az ún. 16s rRNS gén szekvenálásán alapuló eljárás. Ennek a módszernek előnye, hogy célzottan, egyetlen mikrobiális gént, a 16s rRNS gént vizsgálja. Ennek a génnek jellemzője, hogy tartalmaz rendkívül konzervált régiókat, melyek magasabb rendszertani kategóriák azonosítását teszik lehetővé, és tartalmaz variábilis és hipervariábilis régiókat, melyek rendszertani osztályok alacsonyabb szintjein történő besorolást teszik lehetővé. A teljes metagenom (shotgun) szekvenálási eljárás ezzel szemben nem célzottan, hanem a genetikai állomány teljes egészére kiterjedő, véletlenszerű eloszlású régiókat elemez. Előnye, hogy a legalacsonyabb szintű rendszertani kategóriák szintjén is megbízható eredményt ad, ugyanakkor humán sejteket nagy mennyiségben tartalmazó minta elemzésére nem alkalmas.
A Diavitas hálózat keretében elérhető széklet genomikai teszt (SGT) a 16s rRNS gén szekvenálásán alapuló technológiával elemzi a mikrobiális közösséget.
